在植物組織培養過程中，污染是不可避免的，但可以把污染控制在低限度內。污染通常是由于環境不潔、培養基和培養材料消毒不徹底、操作過程不慎、操作人員或工具帶菌而引起。組培污染既影響了繁殖速度，又增加了生產成本，嚴重時可造成培養材料的丟失，給組培繁殖帶來較大的損失。
　　污染的病原有細菌和真菌兩大類。夏季溫度高、濕度大，各種病原菌繁殖速度快，是組培污染的高發期，如果控制不好，導致污染嚴重，會造成較大的經濟損失，甚至會前功盡棄。因此，在夏季防止和降低污染是組培工作者的重要工作之一，應予以足夠重視。根據多年實踐工作的積累，下面討論降低污染的五項有效措施。
　　
　　1. 保持干凈整潔的環境是減少污染的基本要求.
　　
　　組培室是一個微環境，保持這個微環境的干凈、整潔，能有效的防止污染。具體要做到：每周對整個組培室進行一次徹底的大掃除；接種室和培養室要求密閉、干燥，保持與外界環境相對隔絕的狀態，盡量減少與外界的空氣對流及微生物與塵埃的侵入。控制好光、溫、濕、氣等各種生態因子，夏季高溫、高濕時，要即時降溫和排濕；定期用消毒液對接種室和培養室內的設備、墻壁及地面進行擦洗；經常用 70%的酒精對接種室和培養室進行噴霧降塵；定期用紫外燈對接種室和培養室進行空氣消毒，每次開啟 30-50 分鐘；定期檢查超凈工作臺上的風速和清洗過濾器。
　　
　　2. 潔凈的培養容器和培養基的徹底滅菌是減少污染的必然要求.
　　
　　培養瓶、試管等容器和封口用的蓋子、耐高溫的塑料膜等物品在用前要經過徹底清洗、晾干。配制好的培養基分裝后應立即高壓蒸汽滅菌，即在1.1kg/cm2 的壓力，鍋內溫度達到 121℃，持續保持 20-30 分鐘。經滅菌后的培養基，放置 2-3 天，若培養基表面和內部無任何細菌痕跡，確實證明已徹底滅菌，方可使用。
　　
　　3. 嚴格規范且熟練的無菌操作過程是減少污染的關鍵.
　　
　　在無菌操作過程中，工作人員嚴格按照無菌操作的要求，規范熟練地完成好每一個步驟，能有效地減少由操作引起的污染。具體要做到：
　　
　?。?）接種前，工作人員的雙手必須用肥皂水洗凈，進入接種室后換上工作服、戴上口罩，用 70%的酒精擦拭消毒雙手；
　　
　?。?）用 70%的酒精擦拭超凈工作臺，接種工具（如剪刀、手術刀、鑷子等）使用前要在 70%酒精中浸泡，再在火焰上灼燒，冷卻后使用；
　　
　?。?）在超凈工作臺上正確擺放接種用具、培養材料和培養基，臺面上的東西不能堆放太多，以免影響氣流；
　　
　　（4）接種過程中應避免他人來回走動，操作人員禁止談話，并盡量避免操作人員頭部伸入超凈工作臺的工作區內；
　　
　?。?）培養瓶的開啟、接種材料的切割、分裝、封口等步驟要規范熟練，避免交叉污染；
　　
　?。?）每切割、轉接完一瓶母種材料后，要及時更換無菌紙，重新更換所用的接種工具，備兩套交替使用。
　　
　　4. 培養材料（外植體和基礎母瓶）的嚴格篩選和徹底的表面消毒是減少污染的基礎工作.
　　
　　選擇適宜的外植體材料常常是組培工作成敗的關鍵，通常選取生長健壯、無病斑的植株上的處于生長活躍狀態的幼嫩莖尖，尤以剛剛萌發的幼芽比較理想，可以大大減少材料的污染。夏季避免陰雨天在戶外采取外植體，因為陰雨天帶菌較多，在晴天采材料時，下午采取的外植體要比早晨采的污染少，因為材料經過日曬后可殺死部分細菌或真菌。采集回來的外植體經自來水清洗后，在超凈工作臺上對其進行徹底的表面消毒，在消毒過程中應當正確選擇消毒劑的濃度和處理時間，做到既消毒徹底，又盡量減少由消毒劑引起的組織的死亡。基礎母瓶擴繁過程中，母瓶的選擇也至關重要，帶菌的母瓶不能再用作母種，避免污染的擴大，接種前，還應用 70%酒精擦拭母瓶表面，以免開啟母瓶時，灰塵落入瓶中造成污染。
　　
　　5. 污染物的正確處理是防止污染傳播蔓延的有效途徑.
　　
　　組織培養中污染是經常發生的，一旦發現培養物污染，應對其進行及時處理，否則會導致培養室環境污染，造成污染的蔓延和相互傳染。首先立即把污染物從培養室轉移出去，然后對其進行高壓消毒滅菌，再在離組培室較遠的地方清除滅過菌的污染的培養物，徹底清洗培養瓶，晾干后待用。